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France Chaînes de transmission, variants, régions épargnées... Ces zones d'ombre du Covid-19

15:05  09 mai  2021
15:05  09 mai  2021 Source:   lexpress.fr

Ce que l'on sait des différents cas de variant indien détectés en France

  Ce que l'on sait des différents cas de variant indien détectés en France Trois cas dus au variant venu d'Inde ont été détectés dans le Lot-et-Garonne et les Bouches-du-Rhône. D'autres cas suspectés sont en cours d'investigation, dont une personne hospitalisée à Bordeaux. © afp.com/Christophe ARCHAMBAULT Une technicienne travaille sur le séquençage du génome du Sars-CoV-2 et de ses variants à l'Institut Pasteur, le 21 janvier 2021 à Paris Trois cas de variant indien du Covid-19 ont été détectés en France métropolitaine, a annoncé jeudi le ministère de la Santé dans un communiqué.Ce variant B.1.

Où se contamine-t-on encore ? Quel variant progresse-t-il dans un département ? Pourquoi l'Ouest de la France est-il toujours moins impacté ? Ces questions ne trouvent pas toujours de réponse.

En dépit des nombreuses mesures de restriction, les contaminations sont restées à des niveaux élevés dans toute la France. © afp.com/Anne-Christine POUJOULAT En dépit des nombreuses mesures de restriction, les contaminations sont restées à des niveaux élevés dans toute la France.

C'est un taux d'incidence qui fait des envieux : seulement 72 cas pour 100 000 habitants. Certes, il est légèrement au-dessus du seuil d'alerte, fixé à 50. Mais il est bien en dessous de la moyenne nationale, actuellement à 207. Depuis l'arrivée du Covid-19 en France, le Finistère est l'un des départements relativement épargné par l'épidémie, comme d'autres territoires de l'Ouest de la France. Sans que l'on sache réellement pourquoi. Près d'un an et demi après son apparition, le Covid-19 garde toujours des mystères. Difficultés à remonter les chaînes de transmission, difficultés à distinguer les différents variants, notamment sud-africain ou brésilien et donc difficultés à expliquer pourquoi certains départements sont moins frappés par le coronavirus que d'autres... L'Express fait le point sur les zones d'ombre qui entourent les contaminations.

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  • Les lieux de contamination

Où se contamine-t-on encore en France ? Jusqu'à mi-avril, plus de 35 000 cas quotidiens étaient détectés. Si le chiffre est depuis en baisse constante, c'est encore 20 000 tests positifs en moyenne qui sont à ce stade enregistrés par jour. Confinement en avril, couvre-feu à 19 heures dans tous les départements depuis le 20 mars... En dépit des nombreuses mesures de restriction, les contaminations sont donc restées à des niveaux élevés dans tout le pays. Mais on ignore où elles se sont produites ces dernières semaines.

Une étude ComCor sur les lieux et circonstances de contamination, réalisée entre le 1er octobre 2020 et le 31 janvier 2021 et menée par l'Institut Pasteur, montrait que 45% des personnes positives connaissaient la personne source qui les a infectées, tandis que 18% suspectaient un évènement particulier sans connaître la source de l'infection. En revanche, 37% ne savaient pas comment elles ont été contaminées. Aucune nouvelle étude n'a depuis été dévoilée sur les lieux de contamination. Le variant anglais a pourtant émergé entre-temps, avec une augmentation de la transmissibilité de 43 à 90% par rapport à la souche historique, selon Santé Publique France.

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Cette connaissance partielle des chaînes de transmission affecte l'efficacité de la lutte contre l'épidémie. "Nous avons fait des progrès dans le processus de tracing mais malheureusement nous n'allons toujours pas assez vite. Il faut pouvoir isoler les cas contacts en moins de trois jours, et ça, on n'y arrive toujours pas", affirme à L'Express Éric Caumes, chef du service des maladies infectieuses à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière, à Paris (AP-HP). "Par ailleurs, il y a toujours des problèmes pour faire respecter l'isolement", dit-il. "Nous avons fait des progrès, mais nous ne savons pas encore tout expliquer", abonde auprès de L'Express le virologue Bruno Lina, membre du Conseil scientifique. "Il est très compliqué d'identifier les chaînes de transmission quand le nombre d'infection est très élevé. Mais si le chiffre est de 10 000 cas quotidien, on sait en revanche le faire", ajoute-t-il.

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Quand la personne source est connue, la contamination provient avant tout d'une source intra-domiciliaire (42%), puis d'une source extra-domiciliaire, note l'Institut Pasteur dans son étude dévoilée en mars dernier. "Les réunions privées, avec famille élargie et amis, et le travail en bureaux partagés, constituent les circonstances de transmission du virus les mieux identifiées. Les repas, aussi bien en milieu privé que professionnel, sont les circonstances les plus fréquemment rapportées à l'origine de ces transmissions", relève l'Institut Pasteur. "Le milieu du travail est probablement l'espace où il y a le plus de chaînes de transmission", souligne Bruno Lina.

Les lieux clos où le port du masque n'est pas systématique sont donc à l'origine de la quasi-totalité des contaminations. Mais attention : respecter une distance de sécurité d'un ou deux mètres ne garantit pas l'absence de contamination en intérieur, même avec un masque. C'est ce qu'expliquent des chercheurs du Massachusetts Institute of Technology (MIT), qui proposent de compter les minutes d'exposition, en plus des mètres, et viennent de mettre en ligne un modélisateur très précis disant quand et comment nous risquons d'être contaminés dans un lieu clos. "Le virus suit le flux de la ventilation. Si on est à 10 mètres dans le flux de la ventilation, on est à risque, si on n'est pas dedans, le risque est moins élevé", observe Éric Caumes.

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  • La part des différents variants

Dans sa dernière analyse de risque sur les différents variants du SARS-CoV-2, datée du 5 mai, Santé Publique France relève que le variant VOC 20H/501Y.V2, dit sud-africain, "augmente davantage en Ile-de-France qu'au niveau métropolitain". Au total, 56 départements métropolitains voient leur part de V2 ou V3 (le variant dit brésilien) stagner ou progresser en proportion. La Seine-Saint-Denis (93) enregistre la plus forte croissance, avec +6,7% de V2 ou V3 identifié dans ses tests criblés sur la quinzaine. Paris et la Charente suivent avec des progressions respectives de +6,1 et +6,2%.

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En Ile-de-France, "on constate depuis maintenant une grosse semaine une augmentation de la proportion du variant sud-africain, notamment en petite couronne parisienne, qui représentait 6% des diagnostics et qui représente désormais 10%", avait annoncé Olivier Véran le 27 avril dernier à Saint-Denis (Seine-Saint-Denis). Mais, hormis les données très récentes en Ile-de-France et quelques mois plus tôt en Moselle, où le variant sud-africain s'était implanté à la fin de l'hiver, il est à l'heure actuelle difficile de faire la distinction entre la part des variants brésilien et sud-africain dans les tests positifs criblés, ce dernier ayant un "impact significatif sur l'échappement immunitaire post-infection et post-vaccinal", note Santé Publique France.

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"Nous ne sommes pas assez bons dans le domaine de l'identification des variants, nous ne sommes assez rapides et nous ne séquençons pas assez", estime Éric Caumes. En revanche, pour Bruno Lina, "la description des variants portant la mutation 484 faite en France est probablement celle qui est la plus précise en Europe. En Allemagne, par exemple, ils ont un décalage de l'ordre de quinze jours par rapport à nous". Il est important de suivre la progression des variants classés "préoccupants" ou "à suivre" par Santé Publique France alors que, selon le virologue, "le variant britannique va disparaître au profit de l'un des lignages portant la mutation 484", qui pourrait par exemple être le variant sud-africain, "le meilleur candidat" pour s'imposer à terme, selon lui. S'agissant du variant circulant en Inde, 26 cas au total ont été détectés jusqu'à présent en France dans "11 épisodes" d'infection, "mais les mesures précoces d'identification et d'isolement des cas et de leurs contacts ont permis de limiter le risque de diffusion" précise l'agence sanitaire.

"La période de décroissance de l'épidémie va nous permettre de refaire du contact-tracing et même de faire du rétro-tracing ("traçage rétrospectif"), ce que l'on n'a jamais fait jusqu'à présent, autrement dit de remonter les chaînes de transmission, comme avec le variant sud-africain", relate Bruno Lina.

  • Ces départements relativement épargnés

C'est l'une des autres inconnues de l'épidémie de coronavirus en France : pourquoi l'Ouest de la France est-il systématiquement relativement épargné par l'épidémie depuis son apparition, début 2020 ? Comme le Finistère, la Charente-Maritime, les Pyrénées-Atlantiques ou encore les Landes affichent régulièrement les taux d'incidence les plus bas du pays.

Et si le vent jouait (entre autres) un rôle positif ? "Le vent est un facteur de dissémination des gouttelettes", indiquait en décembre dernier à L'Express Alix Roumagnac, le président de Predict Services, dont les chercheurs ont créé un index ayant pour objectif de modéliser la capacité des gouttelettes à rester en suspension. "Je ne sais pas pourquoi ces territoires sont depuis toujours épargnés. C'est probablement lié à des multiples facteurs comme le climat et la densité de population", note Bruno Lina. "Les mystères de l'Ouest", sourit de son côté Éric Caumes.

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C'est intéressant!