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France Est-il vrai que des tests PCR «à 50 cycles» sont à l'origine de faux positifs en France ?

11:40  19 novembre  2020
11:40  19 novembre  2020 Source:   liberation.fr

Covid-19 : les chiffres de Jean-Michel Blanquer sur les contaminations des élèves sont-ils mensongers ?

  Covid-19 : les chiffres de Jean-Michel Blanquer sur les contaminations des élèves sont-ils mensongers ? Le ministère de l'Education a évoqué vendredi 3 528 élèves atteints par le Covid-19, et suggéré une stabilité des chiffres depuis mi-septembre. Mais ces données sont très partielles, et ne traduisent pas du tout la dynamique de l'épidémie chez les jeunes. Bonjour, Vous avez été nombreux à nous interroger sur les chiffres communiqués par Jean-Michel Blanquer, vendredi dernier sur RTL, selon lesquels 3 528 élèves (sur 12 millions) auraient été testés positifs dans toute la France sur les quatre premiers jours de novembre.

que les tests virologiques RT- PCR (pour polymerase chain reaction , « réaction en chaîne par polymérase ») pratiqués à grande échelle seraient En France , les tests pratiqués réalisent entre 40 et 45 cycles , selon le conseil scientifique Covid-19. Le sujet était évoqué dans un avis publié le 27

Permettez-moi de le répéter : la grande majorité des tests PCR positifs , dans notre pays, sont cliniquement insignifiants, parce que les personnes qui sont positives ne sont pas susceptibles d' être contagieuses. Pourquoi ? La réponse est une question de cycles d'amplification

Centre de dépistage du Covid en voiture, à Yverdon-les-Bains, en Suisse, le 4 novembre. © LAURENT GILLIERON Centre de dépistage du Covid en voiture, à Yverdon-les-Bains, en Suisse, le 4 novembre.

Le documentaire «Hold-up» a relayé l’idée fausse selon laquelle les tests RT-PCR français seraient calibrés de manière à désigner «positifs» des échantillons dans lesquels la quantité de matériel viral est dérisoire, voire inexistante.

Question posée par Maude le 12/11/2020

Bonjour,

Vous nous interrogez sur la validité d’une affirmation très employée par ceux qui minimisent la gravité de l’épidémie : en France, les tests de positivité employés à l’hôpital seraient calibrés de manière erronée, conduisant à détecter «tout et n’importe quoi», ou à exagérer le nombre de cas positifs, avec pour effet de faire gonfler les statistiques. Un propos notamment tenu dans le documentaire complotiste Hold-up, mais qui faisait déjà florès auparavant sur les réseaux sociaux.

Des touristes achètent de faux tests négatifs au marché noir pour pouvoir voyager

  Des touristes achètent de faux tests négatifs au marché noir pour pouvoir voyager Voulant absolument voyager malgré les mesures sanitaires mises en place, certains touristes se tournent vers le marché noir pour acheter de faux tests négatifs. © REUTERS/Andreas Gebert Nom du laboratoire, numéro de dossier, nom du médecin et résultat négatif… Tout semble indiquer que ces tests sont vrais. Pourtant, quelques touristes se tournent vers le marché noir pour obtenir de faux tests PCR indiquant un résultat négatif au coronavirus.

Il peut être effectué par des tests de réaction en chaîne par polymérase après transcriptase inverse pour la En France , la validation de chaque kit de réactifs est réalisé par le CNR (Centre National de Sources de Faux positifs apparents ou réels : Réactifs ou procédure incorrects ou mauvaise

La France sera-t-elle capable de réaliser chaque semaine, comme c’ est l ’objectif, les 700.000 tests PCR considérés comme indispensables pour tester Jeudi soir sur LCI, le ministre de la Santé, Olivier Véran, a affirmé que la France faisait beaucoup plus de tests que ce qui était affiché, au moins

Les accusations concernent les protocoles de tests dits «RT-PCR». Ces techniques de laboratoire permettent de déterminer la présence d’un virus donné dans un échantillon biologique. Pour détecter le virus, on initie la réplication de certaines séquences spécifiques de son génome, séquences dont la quantité doublera dans l’échantillon à chaque cycle de réplication. A partir d’un certain nombre de cycles, les fragments répliqués sont présents en quantité suffisante pour être détectés.

Si le seuil de détection est franchi, par exemple, après 20 cycles d’amplifications, on dira que le test RT-PCR est positif «à Ct=20». Plus la quantité de virus initialement présente dans l’échantillon est importante, plus les fragments viraux seront détectés rapidement, c’est-à-dire au bout d’un faible nombre de cycles d’amplification. Autrement dit, plus le virus est présent, plus le «Ct» est faible.

tardent à être utilisés car les responsables de la santé ne sont pas sûrs de la fiabilité, de la meilleure utilisation

 tardent à être utilisés car les responsables de la santé ne sont pas sûrs de la fiabilité, de la meilleure utilisation Les tests rapides OTTAWA - Plus de 3,8 millions de tests rapides pour le COVID-19 sont maintenant entre les mains des autorités sanitaires provinciales, mais de nombreuses juridictions évaluent encore comment les appareils pourraient aider combattre la pandémie. © Fourni par La Presse canadienne Santé Canada a approuvé plus de trois douzaines de tests différents pour le COVID-19, mais seulement six d'entre eux sont des versions «au point de service» plus communément appelées tests rapides.

Pourquoi est - il important de disposer de tests précis ? Des tests précis permettent d'identifier les Pour identifier les résultats faux négatifs et faux positifs , les résultats des tests sérologiques sont Les échantillons sont soumis à un test appelé « RT- PCR », reverse transcriptase polymerase chain

Il est par exemple recommandé d’effectuer le test de grossesse avec les premières urines du matin Cela est plus courant que les faux positifs mais reste rare, grâce à la sensibilité plus grande des tests . Près de deux millions et demi de tests de grossesse sont vendus chaque année en France .

«Trop de cycles» ?

D’aucuns affirment que les laboratoires français effectueraient «trop de cycles». Deux reproches différents sont formulés, qui peuvent cohabiter dans certains discours. Pour les uns, ce nombre de cycles supérieur à celui retenu dans d’autres pays aboutirait à considérer comme positifs des personnes n’ayant que peu de charge virale, et à gonfler le nombre de positifs en France. Pour d’autres, le problème est plus grave : réaliser un trop grand nombre de cycles entraînerait l’amplification anarchique de matériel génétique étranger dans les échantillons. Les laboratoires seraient alors incapables de différencier le Sars-COV-2 d’un autre virus bénin, et désigneraient «positifs» des personnes qui n’ont pas été infectées.

De telles allégations se retrouvent notamment dans une séquence du documentaire conspirationniste Hold-up, auquel CheckNews a déjà consacré plusieurs articles. Au travers d’une vidéo du youtubeur Silvano Trotta, il est ainsi affirmé que «plus on va au-delà des 30 [cycles d’amplification], plus on va trouver des traces infinitésimales de n’importe quoi, d’une ancienne grippe, d’un ancien rhume, d’un virus mort, de tout». Une pratique qui, à en croire l’intervenant, serait différente de celles d’autres pays : «Les Allemands, [quand ils testent], ne dépassent pas les 25 cycles. En France, l’[Agence régionale de santé] ne communique pas sur le nombre de cycles. Donc vu qu’en France, il y a beaucoup plus de cas positifs que [partout en] Europe, soit vous croyez que le virus s’arrête aux frontières, soit ça veut dire que la France a un taux de cycles supérieur. Et des fois on fait des boulettes… Ecoutez jusqu’où monte la France», clame Trotta, introduisant un extrait d’un reportage réalisé à Chambéry où un biologiste évoque la valeur de 50 cycles. La séquence se conclut par un visuel comparant 25 cycles en Allemagne à 50 cycles en France.

Sa tâche de naissance, les tests PCR... Jean-Luc Reichmann se lâche : "ça va trop loin"

  Sa tâche de naissance, les tests PCR... Jean-Luc Reichmann se lâche : Quand ce n’est pas sur TF1 dans les Douze coups de midi, c’est sur Instagram que Jean-Luc Reichmann fait rire. Sa tâche, les tests PCR… rien ne l’arrête dans sa nouvelle vidéo. « Quand ça va trop loin… » C’est ce qu’a écrit Jean-Luc Reichmann en légende d’une vidéo hilarante qu’il a postée ce dimanche 15 novembre sur son compte Instagram. L’animateur des Douze coups de midi y imagine un test PCR qui aurait mal tourné. Un prélèvement qui serait même à l’origine de sa tâche.

Comment se passe le test PCR ? Les tests virologiques sont des prélèvements par le nez également appelés tests PCR , pour Polymerase Chain Reaction ou réaction en chaîne par polymérase. Leur but est de détecter la présence du virus au moment où ils sont réalisés, c' est - à -dire que les patients

Si le virus est présent, le test est positif . Sinon, il est négatif. Mais un simple prélèvement nasal mal réalisé peut donner un taux important de « faux négatifs ». Comme le test PCR , le test antigénique nécessite un prélèvement nasopharyngé ou par voies respiratoires basses.

Mais ces différentes allégations sont trompeuses, sinon mensongères.

La RT-PCR «en temps réel»

Pour bien comprendre les erreurs colportées par Trotta, il est important de revenir quelques instants sur la technique «RT-PCR» (réaction de polymérisation en chaîne par transcription inverse). Ou plutôt, sur les RT-PCR. En effet, il existe historiquement deux façons de réaliser une RT-PCR. La première, qui n’est plus guère utilisée de nos jours en contexte médical, consiste à programmer un certain nombre de cycles prédéfinis, et d’observer la présence des séquences amplifiées au terme de l’expérience (on parle de «RT-PCR point final»). Une seconde méthode est la «RT-PCR en temps réel» (ou «RT-PCR quantitative»). Cette technique permet de mesurer de façon continue la quantité de matériel génétique répliqué à chaque instant de l’expérience, et non plus uniquement à la fin.

Avec cette technique, on peut placer simultanément de nombreux échantillons dans un «thermocycleur» RT-PCR (on utilise des plaques pouvant recevoir jusqu’à 96 ou 386 échantillons) et initier, par exemple, 50 cycles de réplications. Tout au long du processus, l’appareil informe les opérateurs de la quantité de matériel viral présent, à chaque cycle, dans chacun des échantillons. On peut donc identifier à partir de quel nombre de cycles la concentration de matériel viral a dépassé le seuil de détectabilité pour chaque patient.

avec tests rapides sont qualifiés de «sans covid». Voici pourquoi c'est un mythe.

 avec tests rapides sont qualifiés de «sans covid». Voici pourquoi c'est un mythe. Les vols Cette semaine, United Airlines a annoncé un essai de vols entre l'aéroport international Newark Liberty dans le New Jersey et Londres Heathrow où chaque passager subit un test rapide de coronavirus avant l'embarquement. Le programme se déroule jusqu'au 11 décembre et fait partie du «programme pilote d’essais transatlantique gratuit de Covid-19».

Le nombre total de cycles effectués ne doit pas être confondu avec la valeur Ct (le nombre de cycles à partir duquel les fragments viraux sont suffisamment nombreux pour être détectés). Pour le dire autrement, le fait qu’une machine soit calibrée sur 50 ne signifie pas que l’on ne regardera les résultats qu’au terme des 50 cycles : si les fragments de virus sont détectables à partir de 10 cycles dans un échantillon, et à 20 cycles dans un autre, chacune de ces valeurs sera identifiée, et consignée.

D’où vient le chiffre de «50 cycles» sur lequel Hold-up se focalise ?


Vidéo: Faut-il rendre le vaccin anti-Covid-19 obligatoire? Les avis sont très partagés (Dailymotion)

Le chiffre de «50 cycles» qui cristallise toutes les incompréhensions ne sort pas de nulle part. Au début du mois de mars, l’Institut Pasteur recommandait bien de réaliser des tests «RT-PCR en temps réel» sur une durée totale de «50 cycles» (dans le cadre d’un protocole général et d’un type de matériel défini par l’Institut). Des tests standardisés permettant de faire tourner les machines seulement 45 cycles sont disponibles sur le marché depuis plusieurs mois, et sont désormais couramment utilisés dans la plupart des laboratoires. En Allemagne, les concepteurs allemands du test de détection de Sars-COV-2 proposent également de réaliser la RT-PCR «temps réel» sur 45 cycles.

Tout ce que vous devez savoir sur les tests Covid à domicile

 Tout ce que vous devez savoir sur les tests Covid à domicile © Aleksandr - stock.adobe.com À l'approche de la fin de l'année, les cas COVID-19 ont connu une montée inquiétante dans tout le pays . Récemment, nous avons découvert que notre détaillant en vrac préféré (AKA Costco) a commencé à proposer des tests de coronavirus à domicile . Et maintenant: la FDA a approuvé son premier test COVID-19 à domicile - bien que la plupart des Américains ne l'obtiendront probablement pas avant le printemps prochain.

Le documentaire Hold-up prétend de son côté apporter la preuve que la norme est de 50 cycles en France en se basant sur un extrait de reportage tourné à l’hôpital de Chambéry. Ce passage est malhonnête. Dans l’extrait du reportage «emprunté» (sans autorisation) au média 8 Mont Blanc, le virologue évoque bien la valeur de «50 cycles» pour une RT-PCR en temps réel. Mais le chiffre prononcé ne renvoie pas ici au nombre de cycles utilisés dans le laboratoire de son hôpital, mais est simplement employé pour illustrer le principe général de la RT-PCR. «Dans notre hôpital, la RT-PCR quantitative, ou "temps réel", est réalisée jusqu’à 45 cycles», explique à CheckNews le Dr Jérôme Grosjean, le virologue interviewé dans l’extrait volé à 8 Mont Blanc. «On cale la RT-PCR quantitative à [un total de] 45 car c’est ainsi que sont calibrés les kits de tests que nous utilisons. Et les Allemands font… pareil ! Mais ce qui importe, c’est bien le moment où la courbe franchit le seuil, pas le nombre total de cycles !»

Si on ne détecte rien à partir d’un trop grand nombre de cycles, le test est négatif

Contrairement à ce que semble sous-entendre le documentaire Hold-up, caler une RT-PCR à 45 cycles (ou même à 50) ne signifie absolument pas qu’un échantillon dans lequel un signal serait détecté au bout de 45 (ou 50) cycles sera considéré comme «positif».

«Dans notre laboratoire, au-delà d’une valeur Ct de 37, le test sera considéré comme négatif», explique par exemple le Dr Jérôme Grosjean.

S’il n’existe pas en France de norme en la matière – les laboratoires fixent eux-mêmes ce seuil en fonction du type de matériel qu’ils utilisent – la Société française de microbiologie (SFM) a récemment rendu un avis qui introduit une nuance dans l’interprétation et la qualification des résultats des tests RT-PCR. Durant les premiers mois de la crise, un certain nombre de critiques avaient en effet été formulées contre l’imprécision de la notion d’«échantillon positif», qui rassemblait des patients très contaminants (avec un Ct faible) et des patients vraisemblablement moins contributeurs de l’épidémie (avec une RT-PCR positive après plus d’une trentaine de cycles). Fin septembre, la SFM a donc préconisé aux biologistes de qualifier comme «positif faible» les tests dont le Ct dépasse 33, pour les différencier des résultats positifs à un Ct inférieur. La SFM précise toutefois que la qualification de «cas positif» peut être conservée au-delà de cette valeur, selon le tableau clinique du patient. «Un résultat d’analyse biologique n’a de valeur que lorsqu’il est corrélé aux données cliniques du patient et à la chronologie de l’apparition des symptômes durant les jours précédents la RT-PCR», insiste auprès de nous Eric Billy, chercheur en génétique.

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 La FDA vient d'accepter un test COVID rapide à domicile - mais cela ne fonctionnera pas pour tout le monde Suivez toute la couverture COVID-19 de PopSci ici , y compris le dernier sur le développement de vaccins , conseils pour la saison grippale , et un tutoriel sur les astuces pour désembuer vos lunettes . © Fourni par Popular Science Le kit COVID-19 à domicile de Lucira Health remplace le long écouvillon traditionnel utilisé par la plupart des centres de test par un plus court.

En revanche, la SFM ne recommande pas dans son avis de valeur Ct au-delà de laquelle le test positif devrait être considéré comme négatif (1).

«Positif faible» ne signifie pas «faux positif»

Cette notion de «positif faible» ne signifie nullement «faux positif», et reflète simplement le fait que les patients testés avaient une faible charge virale au moment du test.

«Le fait qu’un patient ne soit plus contagieux ne justifie absolument pas de qualifier le résultat de la RT-PCR de faux positif, insiste Eric Billy. Bien au contraire, puisque la RT-PCR a permis de poser d’une manière certaine le diagnostic de Covid-19 chez cette personne.» Une personne dont la charge virale a naturellement baissé a tout à fait pu contribuer à l’épidémie, en infectant ses cas contacts. L’information relative à la positivité, même faible, peut avoir toute sa pertinence dans le suivi épidémique. En revanche, Le distinguo entre «positif» (contaminant) et «positif faible» (non contaminant) est censé permettre d’ajuster les consignes sanitaires (notamment concernant l’isolement) aux patients. C’était d’ailleurs l’objet de l’avis de la SFM.

«Les Allemands ne dépassent pas les 25 cycles» ? Faux

Contrairement à ce que suggère Hold-up, les pratiques hexagonales ne diffèrent pas largement des pratiques allemandes en la matière. L’idée qu’outre-Rhin les tests RT-PCR seraient interrompus ou considérés négatifs après 25 cycles est fausse. Comme expliqué dans un précédent article de CheckNews, il n’existe pas en Allemagne de seuil unifié à partir duquel un test RT-PCR est considéré comme négatif. Une récente enquête du quotidien Süddeutsche Zeitung montrait ainsi que la majorité des autorités de santé publique en Allemagne n’étaient qu’exceptionnellement informées du nombre de cycles utilisé lorsqu’un test est positif. Et lorsque ce taux est communiqué, il s’avère fréquemment dépasser 30.

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  Coronavirus en Occitanie : Qui va pouvoir avoir accès aux 800.000 tests antigéniques disponibles dans la région ? Ces tests antigéniques, qui arrivent dans les Ehpad et pharmacies notamment, doivent être réalisés dans les quatre jours maximum après l'apparition des premiers symptômes © PHILIPPE MAGONI/SIPA Les tests antigéniques vont être déployés en priorité les Ehpad, les urgences, etc.

Et, comme en France, il est recommandé en Allemagne de faire une distinction entre les patients positifs et les patients faiblement positifs. Dans le cadre de la sortie de l’isolement d’une personne infectée d’une forme grave du Covid-19, l’institut de santé publique Robert-Koch préconise ainsi de prendre en compte la valeur Ct. En cas de test «positif au-delà de dix jours après l’apparition des symptômes, une valeur Ct supérieure à 30 peut être utilisée comme critère [pour lever l’isolement], en fonction des conditions spécifiques du test», peut-on lire. L’institut précise toutefois qu'«un résultat de PCR avec une valeur Ct supérieure à 30 ne représente pas un résultat négatif de PCR». Cela signifie simplement que la charge virale est moins importante et que le risque de contagion est moindre.

Les résultats issus des derniers cycles ne sont jamais interprétés comme signe d’une positivité au Covid-19

Revenons, pour conclure, sur l’idée relayée par Silvano Trotta selon laquelle un trop grand nombre de cycles de réplication produirait un faux signal de positivité au virus, signal que les biologistes médicaux seraient enclins à considérer comme un vrai signal.

On l’a dit, une RT-PCR permet d’amplifier une portion très précise du génome viral, autant de fois que nécessaire jusqu’à ce que le fragment soit détectable. Les séquences qui bornent la portion de génome que l’on souhaite amplifier sont choisies avec soin. Pour que la transcription ait lieu, ces «bornes» doivent être détectées par des chaînes de molécules nommées «amorces». Ces amorces sont suffisamment longues pour que la transcription soit très spécifique. Toutefois, elles peuvent s’apparier, de façon partielle, avec des fragments génétiques moins spécifiques, s’il n’y a rien (ou plus rien) à détecter.

L’augmentation du nombre de cycles de RT-PCR peut donc effectivement faire apparaître un signal non spécifique. Mais ce signal, qui est une sorte de «bruit de fond», n’est absolument pas dépendant de résidus d’anciens virus. Par ailleurs, ce «bruit de fond» est très facile à identifier, puisqu’il apparaît aussi dans des échantillons sains. Ces aberrations ne peuvent donc pas, en pratique, être confondues avec un signal de présence du coronavirus Sars-COV-2. Par conséquent, elles ne peuvent aboutir à des faux positifs.

En résumé

Les tests RT-PCR «temps réel» permettent d’identifier le Ct de très nombreux échantillons évaluer simultanément. Lorsque le Ct est supérieur à 33, la SFM préconise de qualifier l’échantillon comme «positif faible».

Les tests RT-PCR pour lesquels le Ct est trop élevé sont considérés comme négatifs par les biologistes médicaux. Il est mensonger de laisser croire que des échantillons seraient considérés positifs si un signal apparaît lors des derniers cycles d’amplification réalisés dans les machines.

(1) Le nombre de gènes ciblés est également pris en compte pour définir ce seuil.

(2) A une exception : si un seul gène sur les deux ou trois ciblés est repéré et que le Ct est supérieur à 37, la SFM préconise de qualifier le test de négatif.

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Ces tests antigéniques, qui arrivent dans les Ehpad et pharmacies notamment, doivent être réalisés dans les quatre jours maximum après l'apparition des premiers symptômes © PHILIPPE MAGONI/SIPA Les tests antigéniques vont être déployés en priorité les Ehpad, les urgences, etc.

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C'est intéressant!