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France Le bilan des morts du Covid-19 inclut-il des personnes contaminées mais décédées d'autres pathologies ?

15:10  24 novembre  2020
15:10  24 novembre  2020 Source:   liberation.fr

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Le chiffre communiqué chaque soir par les autorités intègre des personnes atteintes du virus, mais décédées, pour certaines d'entre elles, d'autre chose que le Sars-CoV-2. Seul l'Inserm devrait permettre, dans quelques mois, de connaître le nombre de décès dont le Covid-19 est la cause initiale. Pour la première vague, ce bilan pourrait dépasser les 30 000 morts.

Question posée par Géraldine le 13/11/2020

Bonjour,

C’est un chiffre qui, depuis plusieurs mois maintenant, rythme de façon macabre le quotidien des Français : le nombre de morts liés au Covid-19. Au 23 novembre, le décompte officiel des victimes du nouveau coronavirus en France s’établissait ainsi, selon Santé publique France, à 49 232, dont 33 945 dans les hôpitaux publics et privés et 15 287 dans les Ehpad et autres établissements médico-sociaux (EMS).

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Un bilan qui, à mesure que l’épidémie persiste, est de plus en plus contesté par certains Français. Notamment sur les réseaux sociaux, où plusieurs internautes dénoncent le classement, parmi les morts du Covid, de personnes décédées de tout autre chose.

  Le bilan des morts du Covid-19 inclut-il des personnes contaminées mais décédées d'autres pathologies ?

Une partie de ces détracteurs estiment même que ces «fausses» déclarations de décès sont motivées, pour les hôpitaux, par l’appât du gain, avec le versement d’une prime de plusieurs milliers d’euros en cas de lien officiel avec le virus. Une accusation fausse, à laquelle nous avons déjà répondu. D’autres y voient la volonté d’exagérer le tribut humain à l’épidémie, afin de justifier l’instauration de mesures restrictives de liberté.

Une chose est vraie pourtant : une grande partie du bilan des morts liées à la pandémie, communiqué chaque soir par Santé publique France, ne tient pas compte de la cause du décès. Et mélange donc des patients ayant succombé du Covid-19 et d’autres, porteurs du Sars-CoV-2 mais morts d’une pathologie non liée au virus. Si cette deuxième catégorie est a priori marginale, les données des autorités ne font toutefois pas le tri. Explications.

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Dans l ' autre , on parle uniquement des nouvelles entrées à l 'hôpital ou en réanimation pour Covid sur une journée. Précision sur le nombre de décès Si ce chiffre est supérieur à 1, cela signifie qu' une personne atteinte de Covid - 19 contamine plus d'une autre personne en moyenne actuellement et

Trouvez rapidement un centre de dépistage covid - 19 près de chez vous et prenez rendez-vous gratuitement en ligne en quelques clics. Langue des signes.

Santé publique France et le réseau Si-vic

Chaque soir vers 19 heures, Santé publique France dresse ainsi un bilan des décès quotidiens intervenus dans les hôpitaux (510 le 23 novembre), auquel est ajouté, tous les trois ou quatre jours, celui des Ehpad (750 le 20 novembre).

Ce chiffrage régulier est issu de deux canaux distincts. Pour les établissements de santé, le nombre provient du dispositif Si-vic (Système d’information pour le suivi des victimes), mis en place suite aux attentats de novembre 2015. «Après la confusion qu’il y a pu y avoir à l’époque, l’objectif était de mettre en place un système afin de savoir, en temps réel, quelle victime est envoyée dans quel hôpital, rappelle David Heard, de l’agence régionale de santé (ARS) d’Ile-de-France. Il ne s’agit donc pas d’un outil de surveillance épidémique mais de gestion administrative.» Activé depuis à chaque crise, il l’a été le 16 mars pour l’épidémie de Covid-19.

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l 'épidémie de Covid - 19 en France, mais qu' il était trop tôt pour tirer des conclusions sur l 'efficacité du reconfinement. En attendant cette «revoyure» du dispositif à la mi-novembre, le gouvernement a de nouveau écarté dimanche un confinement ciblé pour les personnes âgées, son porte-parole Gabriel

«Comme pour tout autre détenu mis en quarantaine, l 'accusée restera en quarantaine pendant quatorze jours, date à laquelle elle sera à nouveau Si ce test est négatif, elle sera alors libérée de la quarantaine. A ce jour, l 'accusée n'a présenté aucun symptôme du Covid - 19 », précise également le

Qui remplit cette base et sur quels critères ? Il s’agit généralement de l’équipe administrative ou d’une personne dédiée. L’idée, via cet outil, n’étant pas d’imputer de façon incontestable un décès au Covid, mais d’avoir une vision globale, donc, de ce que deviennent les patients intégrés, dans la base, comme positifs au Covid (décès, retour à domicile, transfert vers un autre établissement…). Ce qui permet, entre autres, de connaître rapidement le nombre de places disponibles – ou non – dans tel service de tel hôpital.

«On entre dans le système toutes les personnes hospitalisées qui ont le Covid, sur la foi d’un test ou de signes évocateurs comme un scanner thoracique. Et ce, qu’elles viennent pour l’infection elle-même ou pour tout autre chose, comme un cancer par exemple, explique Frédérique Pothier, responsable de l’identitovigileance au CHRU de Strasbourg et coordinatrice de Si-vic au sein de l’établissement. On renseigne ensuite leur répartition sur les différents sites – quatre à Strasbourg pour le CHRU – et dans quel type d’hospitalisation (conventionnelle, réanimation, soins de suite…).»

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Le dispositif mélange donc tous les types de patients Covid, comme le confirme ce document de la Drees, le service statistique du ministère de la Santé : «Si-vic est avant tout un outil de décompte administratif. Aucune information médicale autre que le statut d’hospitalisation n’y est saisie. L’une des limites du système est qu’il ne permet pas de distinguer les patients hospitalisés pour des formes graves de Covid des patients admis à l’hôpital pour d’autres raisons (opération planifiée, crise d’appendicite, etc.).»

Une difficulté dépassée depuis la mi-novembre, le logiciel permettant désormais de faire la différence entre les personnes arrivées en raison de l’infection et les autres. «Si-vic nous demande désormais de préciser s’il s’agit d’un "patient dont la prise en charge est directement liée au Covid-19" ou d’un "patient atteint du Covid dont le motif principal de l’hospitalisation n’est pas le Covid», explique ainsi François Dubois, directeur adjoint du CHU de Poitiers. Un écueil résolu très récemment, mais qui perdurait depuis le début de la crise. Un accidenté de la route hospitalisé, et dont on découvrait qu’il était positif, était ainsi considéré comme un patient Covid pour Santé publique France.

Le statut des patients dans Si-vic est ensuite mis à jour quotidiennement, qu’il s’agisse d’un retour à domicile, d’un transfert ou d’un décès. Or, «à partir du moment où le patient est dans Si-vic, c’est qu’il a eu un diagnostic Covid, explique Frédérique Pothier. Donc s’il décède, on considère qu’il est mort du Covid.» Et ce, même si ce dernier n’est pas mort du virus. «Effectivement, comme on ne rentre aucun motif médical dans Si-vic, on ne peut pas préciser, quand une personne enregistrée comme atteinte du Covid décède, si elle est décédée au cours de son intervention au bloc opératoire, par exemple, ou décédée à cause du Covid-19», abonde François Dubois. «Si-vic recense un patient Covid décédé, pas un patient décédé du Covid», résume un cadre d’une agence régionale de santé.

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Sollicitée à plusieurs reprises par CheckNews, la Direction générale de la santé (DGS) a fini par reconnaître, du bout des lèvres, que «les décès notifiés dans Si-vic» le sont «sans critère d’imputabilité». Autrement dit, sans lien établi entre la mort du patient et le virus.

Voozanoo en Ehpad

Pour les Ehpad et EMS, il s’agit encore un d’autre dispositif. Lancé le 28 mars, et rebaptisé depuis Voozanoo, il est renseigné par l’équipe administrative de l’établissement. Doivent y figurer tous les patients atteints du Covid («confirmé» par test ou «suspecté» en fonction des symptômes), ainsi que les décès quotidiens dus au virus. Une décision qui se fait «sur la base des informations données par le médecin», assure Pascal Champvert, président de l’Association des directeurs au service des personnes âgées (AD-PA).

Ce dispositif, lui, pose un autre problème. Celui d’avoir enregistré le décès de patients Covid… n’ayant pas été contaminé par le virus. En effet, en raison d’un manque de tests lors de la première vague, le nombre de morts dans ces résidences a pu être surévalué, estime Santé publique France dans un rapport : «Les décès déclarés par les Ehpad/EMS n’ont pas fait systématiquement l’objet d’une confirmation biologique d’infection au Sars-CoV-2. Dès lors qu’un foyer d’au moins un cas d’infection [au virus] était identifié dans un établissement, [celui-ci] déclarait quotidiennement, parmi d’autres indicateurs, le nombre de décès survenus dans l’établissement. En l’absence de tests PCR systématiques, certains décès déclarés ont probablement été à tort associés au Covid-19.»

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A noter, par ailleurs, qu’un dispositif équivalent a été créé pour les personnes décédées à domicile et suivis par des services d’aides à domicile, «mais le ministère n’a jamais communiqué dessus», s’étonne Pascal Champvert.

Aussi critiquables et imparfaits qu’ils soient, ces dispositifs de recensement dans les établissements de santé et dans les Ehpad ont cependant un gros avantage : celui de fournir un état des lieux quasi instantané de la crise sanitaire et de ses conséquences en termes de mortalité. Mais ils ne renseignent donc pas précisément sur le nombre de personnes mortes en raison du Covid.

Ces affres administratives conduisent-elles, pour autant, à une surestimation par les autorités du bilan du Covid-19 ? En réalité, non. Ce serait même le contraire – au moins dans les hôpitaux –, à en croire les travaux du Centre d’épidémiologie sur les causes médicales de décès (CépiDC).

L’Inserm et les certificats de décès

Car, pour avoir une estimation plus proche de la réalité du nombre de personnes mortes du Covid, c’est vers cet autre organisme qu’il faut se tourner. Un département interne à l’Inserm qui, dans quelques mois, devrait livrer des données affinées sur le nombre de décès imputables au nouveau coronavirus.

Le travail du CépiDC consiste à examiner les certificats de décès, et plus précisément son volet médical (anonymisé), rempli par le médecin et où est renseignée la cause de la mort. Une source d’information plus longue à traiter, mais qui permet, elle, de connaître le nombre de personnes pour qui le Covid-19 constitue la cause première de décès.

Pour ce faire, le CépiDC progresse en deux temps, en suivant des règles établies par l’Organisation mondiale de la santé (OMS). L’organisme va d’abord opérer un premier tri, via un algorithme, pour ne retenir, parmi tous les certificats de décès qui lui arrivent (des hôpitaux, des Ehpad ou de tout autre lieu), que ceux qui mentionnent le terme Covid, qu’il s’agisse de cas «confirmés» ou «suspectés». Une mention qui signifie que le Covid «a contribué au décès», explique Grégoire Rey, responsable du CépiDC. Sans pour autant, à ce stade, en être la cause principale.

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Ainsi, si la personne décédée est atteinte du Covid mais que le virus est totalement étranger à sa mort, le médecin n’est pas censé faire figurer cette maladie sur le document. L’accidenté de la route qui succombe de ses séquelles à l’hôpital, et par ailleurs positif au Covid, ne sera donc pas, en théorie, conservé lors de ce premier tri.

Pour la première vague (de mars à juin), cet organisme a retenu 35 111 décès dont le certificat évoque la mention Covid, dont 26 541 confirmés et 8 570 suspectés (surtout dans les Ehpad et à domicile).

Le CépiDC va ensuite effectuer un second tri, parmi tous ces certificats, afin de déterminer la «cause initiale de décès», toujours sur la base des recommandations internationales. Cette cause initiale de décès étant définie par l’OMS, selon un document du CépiDC, «comme la maladie ou le traumatisme qui a déclenché l’évolution morbide conduisant directement au décès. La cause initiale est donc la cause sur laquelle il faut agir pour prévenir le décès. C’est cette cause qui sera principalement utilisée pour présenter les statistiques médicales de mortalité».

Les équipes du CépiDC vont alors analyser, dans le détail, le volet médical du certificat de décès, composé de deux parties : la première renseigne la cause initiale du décès elle-même, la seconde les autres affections (comorbidités). Le Covid peut ainsi être mentionné dans la partie 1, donc comme cause initiale, mais aussi dans la partie 2 (comorbidités). Et ce, que le Covid soit confirmé ou seulement suspecté.

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«On demande au médecin, dans le certificat, de quoi, in fine, la personne est morte, En général, il va inscrire "arrêt cardio-respiratoire" ou "coma profond", quelque chose d’assez terminal, explique Grégoire Rey. On lui demande ensuite de remonter la chaîne causale : "Qu’est-ce qui a entraîné cela ?" S’il évoque un phénomène d’insuffisance respiratoire aiguë et qu’il remonte ensuite au Covid-19 dans sa chaîne causale, on va retenir le Covid 19 comme cause initiale du décès. Si, en revanche, il remonte à un cancer en phase terminale, puis à un premier cancer qui a entraîné les métastases, on va alors retenir le cancer comme cause initiale.»

Pour autant, le CépiDC ne s’arrête pas aux explications du médecin, et ne classe pas automatiquement un décès comme dû au Covid dès qu’il est mentionné dans la partie 1 et non dans la 2.

«La partie 1 ou 2, ça joue dans nos prises de décisions, car dans la 1, c’est là que l’on va demander au médecin le processus morbide principal, précise Grégoire Rey. Sauf que parfois, les médecins mettent les informations un peu en vrac. Il va inscrire, par exemple, "insuffisance respiratoire" en partie 1 et Covid-19 en partie 2. Dans ce cas, l’OMS nous demande, si ces mentions sont présentes sans aucune autre explication, de retenir le Covid-19 comme cause initiale du décès, même si elle n’est mentionnée qu’en partie 2.»

Cette seconde phase de tri, plus précise, est toujours en cours au sein du CépiDC, et les résultats ne devraient être communiqués qu’en début d’année prochaine. Pour autant, selon Grégoire Rey, et sur la base des certificats déjà traités, dans 90 à 95% des cas, le Covid-19 est considéré comme la cause initiale du décès. Donc sur les 35 111 décès reliés de près ou de loin au Covid lors de la première vague, on peut attendre, en extrapolant, entre 31 600 et 33 300 décès pour lesquels le Covid serait retenu comme cause initiale du décès.

Les faiblesses de Si-vic

Comment expliquer que ce total des morts du Covid selon le CepiDC puisse être supérieur à celui délivré par Santé publique France (29 843 de mars à juin), alors que l’agence sanitaire recence (pour le volet hospitalier) tous les morts atteints du virus ?

La logique voudrait que le chiffre des autorités soit au moins équivalent, voire supérieur, au chiffre «brut» du CépiDC (35 000, avant le deuxième tri).

La première explication tient au fait que le CepiDC travaille sur l’ensemble des lieux de décès. Il est donc le seul à donner des chiffres sur le nombre de morts à domicile et autres lieux (2 422 avant la deuxième phase de tri), là où Santé publique France communique uniquement sur les morts en milieu hospitalier et en Ehpad.

Deuxième explication : les données communiquées par les autorités (et surtout celles venant des hôpitaux via Si-vic) ne sont que partielles.

Pour les Ehpad, la question est marginale. Sur la première vague, les autorités ont évoqué 10 497 décès avec mention Covid via Voozanoo, tandis que le CépiDC a recensé, sur la même période, 10 784 décès avec mention Covid (sans que l’on sache encore si le virus a été la cause initiale du décès). Soit 287 décès en plus pour le CépiDC. Une différence minime, qui tient sans doute au fait que la remontée des décès dans les Ehpad se fait sur l’information donnée par le médecin.

L’écart est en revanche beaucoup plus massif et troublant concernant les décès survenus à l’hôpital. Selon Si-vic, il y a eu, lors de la première vague, 19 346 décès Covid, c’est-à-dire des patients morts du Covid ou en ayant le Covid, à l’hôpital. Le CépiDC, de son côté, recense sur la même période 21 905 décès avec la mention Covid comme cause du décès émanant des hôpitaux (avant, là aussi, la deuxième phase de tri liée à la cause initiale du décès). Soit 2 559 de plus pour le CépiDC ! Une différence de 10%, alors même que le CépiDC ne compte que les décès ayant un rapport avec le Covid.

Les raisons de cet écart, selon plusieurs sources interrogées, sont multiples et liées à certaines faiblesses du dispositif Si-vic, qui aurait engendré une sous-déclaration non négligeable des décès…

«Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps», pointe d’abord Géodes, le portail statistique de Santé publique France. Il s’est en effet écoulé deux mois, au début de la crise, avant qu’un nombre conséquent d’établissements intègrent Si-vic (voir ci-dessous).

  Le bilan des morts du Covid-19 inclut-il des personnes contaminées mais décédées d'autres pathologies ?

Le système, par ailleurs, n’a été rouvert qu’à la mi-mars. Or si «le rattrapage des données avant le 16 mars a été demandé aux établissements de santé, explique la DGS à CheckNews, il est difficile de garantir l’exhaustivité de ce rattrapage dans Si-vic, compte tenu de leur charge de travail».

Si-vic, par ailleurs, souffrait, au moins jusqu’au grand ménage de cet été, de «retards de mise à jour, pour les décès comme pour les lits occupés, avec des gens encore dans Si-vic alors qu’ils n’étaient plus à l’hôpital [retour à domicile ou décédés, ndlr]», explique David Heard, de l’ARS Ile-de-France.

A ces couacs s’ajoute la complexité dans le maniement de l’outil du côté des personnels hospitaliers. «Les données ne sont pas d’une fiabilité parfaite, témoigne Frédérique Pothier, du CHRU de Strasbourg. On n’est pas au lit du patient ni avec les soignants, qui sont débordés. C’est une saisie très administrative, basée sur une extraction de données automatisées de l’hôpital, qui ne sont généralement pas remplies par les médecins.»

Si-vic, enfin, s’est révélé très lourd à gérer. «Le système, surtout au début, était très lent. Il a été créé pour gérer des victimes d’attentat, soit au pire quelques centaines de victimes, mais pas des dizaines de milliers comme avec l’épidémie. Du coup, le système ne suivait pas et tombait en rade tout le temps. Il était d’une lenteur extrême, avec des bugs en permanence, c’était infernal», explique cette responsable, qui évoque «un travail de Romain, à devoir mettre à jour le système quotidiennement, week-end et jours fériés compris». Là aussi, des améliorations auraient été apportées, mais tout récemment.

En résumé : Les données hospitalières communiquées par les autorités depuis le début de la crise ne constituent pas le meilleur indicateur pour estimer précisément le nombre de personnes mortes du Covid. Et ce, pour deux raisons : elles englobent les personnes contaminées par le virus, mais pour certaines, décédées d’autre chose. Ce qui a pour effet d’alourdir le bilan. Mais elles souffrent aussi, à l’inverse, d’un phénomène de sous-déclaration des décès, qui contribue, lui, à minimiser le nombre de morts. C’est donc du côté du CépiDC, in fine, qu’il faudra se tourner dans quelques mois pour connaître le nombre précis de personnes pour lesquelles le Covid aura été la cause initiale du décès. Pour la première vague, ce total, en tenant compte des morts à l’hôpital, en Ehpad et à domicile, devrait être supérieur à 30 000 morts.

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